وعاشت مؤسسة المعهد الملكي لتكوين الأطر، مشاكل تدبيرية على مستوى الموارد المالية، حيث باتت على حافة الإفلاس المالي، بسبب العجز الذي تعاني منه، حيث كان التخوف من عدم احترام مقتضيات المادة 21 من القانون التنظيمي للمالية الذي ينص على أنه يجب أن تمثل الموارد الذاتية ابتداء من السنة المالية الثالثة الموالية لإحداث هذه المرافق، نسبة ثلاثين في المائة (%30) على الأقل من إجمالي مواردها المأذون بها برسم قانون المالية للسنة المذكورة، وذلك بالنسبة لمرافق الدولة المسيرة بصورة مستقلة المحدثة، وتحذف هذه المرافق في حالة عدم استيفاء هذا الشرط بموجب قانون المالية الموالي.
ويعزو العارفون بخبايا المعهد، هذه الأزمة المالية الخطيرة للتدبير العشوائي المعتمد من قبل الإدارة السابقة، التي كبدت المعهد ديون كثيرة بسبب كثرة المصاريف التي لم يستفد منها المعهد، فضلا عن صفقات غير مبنية على دراسة متأنية، في مقابل عدم القيام بمجهود في تحصيل الموارد، وتنويع الخدمات قصد جذب موارد مالية جديدة، ما تسبب في بلوغ قيمة الديون المتراكمة على المستفيدين من خدمات المعهد ما يفوق 6 مليون درهما.
وتسبب سوء تدبير المرفق، في تكاثر شكاوي الأطر التربوية، بسبب شح الأدوات البيداغوجية الضرورية، والمراجع العلمية، بالإضافة إلى التأخر الحاصل في صرف مستحقات الأساتذة الزائرين، ما دفع العديد منهم رفض تجديد العمل مع المعهد.